第二 “如昙花般难以显世之三故事”又可分三：
(一)、本尊摄受、获五神通悉地；
(二)、获自在八辩才、能以一咒语融入一切诸法本性；
(三)、成所有教法教主、美名传遍十方。
(一)、本尊摄受、获五神通悉地
当他住于宗萨寺时，拉萨三大寺(色拉寺、哲蚌寺、甘丹寺)如群星般之僧众中，如圆月一样的大智者罗桑彭措格西曾约下时间欲于第二日与尊者辩论。当日黄昏，尊者亲见文殊菩萨所拿宝剑、经函全部化为五光明点融入自己心间。自此，整个藏地如大海般浩瀚广博之经论的全部词句、意义，尊者均通达无碍，他将之一滴不漏地完全汇入到自己的智慧海洋中。在对根本上师蒋阳钦哲旺波仁波切行法供养时，他曾提及此事，并以之为供养。
当他住于扎嘉平原时，某日中午曾依清净幻身亲往文殊菩萨刹土，并于文殊菩萨无数清净眷属中获得大圆满续之字云轮修法，能将内显之文字轮外现于六趣众生前以利益彼等，此修法以文字记述下来后至今仍可见于尊者全集中。在他造《释量论大疏》时，鼻尖稍弯曲之萨迦班智达某晚曾于尊者之光明梦境中显现，并告诉他说因明无有任何费解之处，只不过把握“破”、“立”二字而已。班智达还将手中经函交与他，结果它们在尊者手里化现为一柄宝剑，他则觉得整个学问似已变为一本书横在自己面前，于是便挥剑向书砍去，一下就将其切为两半。从此以后，因明方面的一切秘诀在尊者心中全都豁然贯通。
还有一次于光明梦境中，他见到三阎罗本尊现身并向自己宣说了清净坛城。第二天，他就将此修法仪轨写下，至今仍收于全集中。后来他又修“阿”字法，并最终经由“阿”字法加持，令自己完全通达智慧波罗蜜多之本义。他随即写下此修法仪轨，全集中有收录。
类似的在真实境况下或梦中见到三根本之事迹实乃无法胜数，这里恐繁未录。
他不仅亲得本尊摄受，亦将五神通轻松驾驭。当尊者由百般福德所形成之法身正住世转法轮时，伏藏大师列绕朗巴有次曾专程前往拜见。伏藏大师的一位弟子恰在此时将一只根瘤碗（俗称葡萄根木碗）不慎丢失，而他以天眼瞬间就见到丢碗之处，于是便将详情告知大师及其弟子。那人后来依其所说线路一路摸索而去，行进半天途程之后，终在一树下找到所丢根瘤碗。
住于扎嘉寺时，有次碰到从千里之外赶来的瓦特宫确等人。这些人在家中及路上所说话语，他以天耳一字不落地全部听闻。等一行人抵达扎嘉寺后，他就以玩笑方式重复他们所说话语。
对自己周围人的所思所想，他凭他心通即可完全了知、掌握，待因缘成熟时自会一语道破。对于此类的神通示现，堪布根华曾在成千上万的弟子前宣说过。大活佛囊卡晋美等人也曾在寺中呆过三日，尊者将这些围绕在身边之人的念头、想法亦和盘托出过，他们对其所言各个惊讶万分。
除此之外，他对宿世通也无碍掌握——他能说出于此娑婆世界中，自己以数百化身多生累世利益众生之行迹。比如在印度，他曾示现为与大成就者萨哈在一起的精通十八种工巧学的德班嘎等工匠；在藏地也有多种化身：比如莲花生大师二十五大弟子之一的角若龙幢；为调化众生还曾示现为苯教上师。他有次亲口对弟子说道：“我对苯教非常精通，现在我持苯教观点，精通教理的嘉色仁波切持佛教观点与我辩上一辩。”结果当他智慧日光放射出无数教理光芒时，嘉色仁波切顿时哑口无言。最后为不破坏缘起，他又改持佛教观点，此次则大获全胜。
他尚且以宿世通做了有关工巧学的大论典，各种咒语汇集之《事业咒集》也是以此方式而造，包括《工巧实用大论》也不例外。
他示现神通有多种用意，比如修大威德仪轨坛城时，为令沃萨侍者生信，他先依靠骰子念诵咒语，然后则将骰子扔向虚空。此时大地六次震动，山岩自然毁坏，河堤也自动坍毁。狂风起时，日月星光黯淡晦冥，周遭环境迅疾就起了翻天覆地的变化。然后再将骰子扔在附近象容地方，这次则致居室墙壁轰然坍塌。
住于德格西日桑哈寺时，又曾用草木做成炮弹，通过咒语加持后，把这些如绵羊屎球般的小丸子对准寺旁一座小山，整座小山立刻就被摧毁。这同时也标示着未来时轮金刚军队来到人间后，定会摧毁邪魔军队之缘起。(现代所谓的高科技武器，尊者其实样样精通，只不过为众生利益，他不愿投身于此而已，这一点看过他全集中工巧明部分之人都有同感。至于其对时轮金刚的娴熟掌握，现代天文学家、物理学家、数学家就更是望尘莫及。)
他还利用神通开掘出众多伏藏品。在石渠有一巨石，岩石表面像镜子一般平整、光滑。他曾从中取出刻有文殊菩萨种子咒的模具，制成此模具所用之原料乃为珍宝，至今仍无人知晓此珍宝质地。格萨尔王朝代时的大臣达玛仁钦随身带有被人称为说话天箭的箭羽，他后来则亲自于山中取出这支天箭伏藏。本来掘出的伏藏品还应有很多，但因他严守秘密，故而后人无从听闻、知晓。
回向偈
文殊师利勇猛智， 普贤慧行亦复然。
我今回向诸善根， 随彼一切常修学。
三世诸佛所称叹， 如是最胜诸大愿。
我今回向诸善根， 为得普贤殊胜行！